La chiesa rupestre fu scoperta il 1 maggio 1963 dai soci del Circolo La Scaletta di Matera.
Nel 2001 la Fondazione Zétema di Matera ha avviato, con la consulenza dell'Istituto Centrale del Restauro, un progetto di recupero integrale, scientifico ed esemplare del monumento rupestre.
La Cripta è stata sottoposta per un anno a monitoraggio bioclimatico per verificare le condizioni ambientali e le rilevazioni fotometriche nei differenti periodi stagionali.
Sono state svolte indagini geologiche e geotecniche per verificare le situazioni statiche e di sicurezza del complesso grottale.
Si è provveduto all'isolamento della copertura esterna degli ipogei attraverso un capillare drenaggio delle acque e l'utilizzo di ‘cappotti' di bentonite.
È stata compiuta la integrale mappatura del degrado del vasto e differenziato ciclo pittorico.
Al fine di debellare il tessuto microbatterico che copriva gli affreschi si è provveduto con indagini diagnostiche sul biodeterioramento, il censimento dell'articolata colonizzazione biologica, la selezione dei biocidi più pertinenti per l'abbattimento delle coperture biologiche.
Gli interventi eseguiti per la Cripta del Peccato Originale hanno consentito la conservazione, il restauro e la valorizzazione di un monumento ipogeo eccezionale per la sua altissima qualità e per la straordinaria valenza storica, costituendo un modello scientifico e di riferimento per la conservazione, il restauro e la gestione del vasto patrimonio rupestre regionale e nazionale.
